دانشکده علوم پایه دانشگاه زابل در سال ۱۳۸۰ تاسیس گردید. پذیرش دانشجو در رشته زیست شناسی در سه گرایش جانوری، گیاهی و عمومی از سال ۱۳۷۵، در رشته ریاضی در گرایش های محض و کاربردی به ترتیب از سال ۱۳۷۹ و سال ۱۳۸۸ و در رشته شیمی در گرایش محض از سال ۱۳۸۰ و گرایش کاربردی از سال ۱۳۸۹ آغاز گردید. تا سال ۱۳۸۰ رشته های مذکور زیر نظر گروه علوم پایه دانشگاه بودند، در بهمن ماه ۱۳۸۰ با تاسیس دانشکده علوم پایه، رشته های مذکور به این دانشکده منتقل گردیدند. رشته آمار در مهر ماه ۱۳۸۵ و رشته فیزیک در مهر ماه ۱۳۸۹ به جمع رشته های این دانشکده اضافه گردیدند.
همچنین این دانشکده از سال ۱۳۸۹ در رشته های زیست شناسی - ژنتیک و شیمی - تجزیه، از سال ۱۳۹۰ در رشته شیمی آلی، در مقطع کارشناسی ارشد و همچنین از سال ۱۳۹۳ در رشته زیست شناسی - فیزیولوِژی گیاهی دانشجو پذیرش می کند.