آموزش عالی در سیستان در سال ۱۳۵۹ با تاسیس آموزشکده کشاورزی آغاز شد. بعد از انقلاب فرهنگی در سال ۱۳۶۳ تولیدات گیاهی و در سال ۱۳۶۷ رشته تولیدات دامی ایجاد گردید. در سال ۱۳۶۹، این آموزشکده به دانشکده با توجه به نیاز منطقه تبدیل و از سال ۱۳۷۰ در مقطع کارشناسی علوم دامی و زراعت دانشجو پذیرش نمود. اکنون این دانشکده، شامل ۸ گروه آموزشی است که دانشجویان با استعداد را در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا جذب می نماید.